biomol: exercices

Bonjour,
Notre prof de biomol nous a donné des exercices facultatifs à faire qui ne seront pas corrigés. J’ai essayé de les faire qui je bloque sur certaines questions, pouvez-vous me corriger ?
j'ai insérer des fichiers où il y a les énoncés des questions et les séquences.


1) Là je ne comprends pas vraiment ce que l’on nous demande dans « que représente cette séquence ? » est-ce simplement le fait de dire qu’il a eu une délétion et une addition.. ?
L’effet sera un décalage du cadre de lecture.
2) 3’-CGAAGGGUU-5’
Nterminal-Arg-Arg-Val-Cterminal
3) Pour cette question je ne vois pas du tout comment il faut procéder ! puisque il y a plusieurs acides aminés qui diffèrent ! dans la nous séquence de la protéine, il y a plus acide aminés ajoutés ! je ne comprends pas !
4) 5’GTCAGCATGAAA3’
5) Les séquences soulignées correspondent à des gènes car il y a avant ces séquences des séquences riches en bases purique la séquence allant de 1014 à 1018 est la boite TATA qui permet l’initiation de la traduction
Par contre je ne vois pas quel est le rôle du codon TGA ?
La position du signal de polyadénylation est de 4626 à 4631
Et pour la dernière question je dirais 7 protéines + 1 codon stop (je ne sais pas si il faut compter le codon stop comme une protéine ?)

merci d'avance pour votre aide,

Cordialement.

tu n'as rien d'autre avec? des documents annexes?
genre pour les fichier 222222 et 333333?

pour la question 1) du fichier 1111 je vois pas ce qu'il te demandent,

2)la séquence est bonne, mais qu'est ce que tu entend par Cterminal de chaques cotés des acides ainés?
techniquement une sequence commence par une methionine et se fini par un codon stop, on peut dire que c'est un fragment de gènes donc qu'il y a d'autres acides aminés en amont et en aval de cette séquence si on avait le gène complet,
alors a quoi correspondent ces "cterminal"?

3) on voit que le deuxieme acide aminé a changé, la thréonine est devenue acide aspartique
la thréonine, sur le tableau du code genetique, on voit qu'elle correspond a 4 possibilitées, ACU ACC ACA ACG
l'acide aspartique correspond a deux possibilitées GAU GAC,
on remarque que la thréonine commence toujours par AC+ une autre base et acide aspartique a toujours un A en deuxième position suivi d'une autre lettre
on en déduit que la base ajoutée se situe juste entre le codon de l'histidine et celui de la thréonine (donc avant le A qui était la première base de la thréonine)
sachant que le nouvel acide aminé (GA +U OU c) commence toujours par un G, on en déduit que la base ajoutée est une guanine


je suis en train de faire la suite (deletion), mais c'est plus simple en refaisant les brin d'ARNm pour avoir une idée de quelles bases bougent donc je te met ca après

si quelque chose n'est pas clair dans ce que je viens de t'expliquer, n'hésite pas a redemander a ce que je te reexplique autrement

très bien merci beaucoup je vais essayer de refaire sans regarder ce que tu as fais pour voir si j'ai bien compris .
après pour la 2) c-terminal= groupement carboxylique et Nterminal=groupement aminé. et pour un acide aminé on le li toujours dans le sens N vers C. et dans la question, on nous demande de placer ces2 groupement c'est pourquoi j'ai mis ça. :s

ah d'accord, alors c'est bon ils sont bien placé ^^ on m'a jamais posé cette question c'est pour ca que je voyais pas

pour la partie de la 3 que je t'ai corrigée, si tu veux la refaire pour voir si tu as bien compris, prend ton code génétique sous les yeux,
reécris base par base les séquences des acides aminés ou il y a une différence et regarde quel est l'intrus

ok merci je vais essayer

si j'ai pas fait d' erreur, voici ce que donnent les séquences
les "?" c'est quand, en fonction de l'acide aminé, il peut y avoir plusieurs bases a cet endroit
en reecrivant les bases ca donne
CA?AC?GA?GA?UGG?U?UCA?GA?GA? pour le gene normale
CA?GA?CG?GG??U?GC?AC??G?GA? pour le gène muté

On sait que sur la deuxieme ligne tout est decalé d'une base a partir du G donc
ce qui se trouve en 5eme position sur la première ligne se trouve en 6eme position sur la deuxième ... jusqu'ala fameuse deletion,

j'ai donc reecris les séquences pour qu'il y ait le moins de "?" possible en mettant en corrélation les deux lignes

je te laisse les retrouver par toi même, (je verrai demain si ça colle avec les mienne si tu as le courage de le faire)
et ensuite a partir des lignes retranscrites tu devrais mieux voir la séquence et trouver ou est la délétion (que je n'a pas encore eu le temps de chercher)

ça yes oui j'ai compris, j'ai réussis à le refaire.

mais je ne comprends pas quand tu dis:"mais c'est plus simple en refaisant les brin d'ARNm " c'est à dire que pour chaque acide aminé de la séquence initiale, tu essayes de trouver son codon?

ok je pense que je vais arrêter pour aujourd'hui j'essayerai demain.

en tout cas merci beaucoup pour ton aide! c'est super sympa! =) bonne soirée

mais je ne comprends pas quand tu dis:"mais c'est plus simple en refaisant les brin d'ARNm " c'est à dire que pour chaque acide aminé de la séquence initiale, tu essayes de trouver son codon?

les brins d'ARNm c'est ce que je t'ai fait dans le post du dessus (les lignes avec des lettre et des points d'interogation) qui représent le brin d'ARNm ensuite ce brin va passer par des ribosomes et sera traduit en acides aminés (et qui donnera les séquences données dans ton exercice)


les brins d'ARNm que je t'ai donnée te sont utiles pour la question 3 sur la délétion, pour mieux visualiser ou est cette délétion, mais peuvent aussi servir pour l'ajout de la base (debut de la question 3)

ok.
alors déjà: voici la séquance que j'ai trouvé:
initale:
CA?AC?GA?GA?UGG?U?CA?CA?GA? initial
CA?GA??G?GG??U?GC?AC????GA? muté

par déduction entre ces 2 brins je trouve:
CA?AC?GAGGA?UGGCUACA?CAGGA? initial
CA?GAC?GAGGA?UGGUCA?CAGAA muté

je dirais que c'est aussi une guanine qui a subit une déletion.

par contre il reste des points d'interrogation que je n'arrive pas à déterminer.

ok.
alors déjà: voici la séquance que j'ai trouvé:
initale:
CA?AC?GA?GA?UGG?U?CA?CA?GA? initial

il me semble que la lettre soulignée devrait être un G puisque l'acide glutamique est codé par GAA ou GAG

par déduction entre ces 2 brins je trouve:
CA?AC?GAGGA?UGGCUACA?CAGGA? initial
CA?GAC?GAGGA?UGGUCA?CAGAA muté

c'est aussi ce que je pense, et pour les points d'interrogations restant,
celui en rouge est un C ou un U car sur la ligne initial ca peut être une U ou un C (Asp) la même base sur la ligne d'en dessous (l'autre en rouge) est de la leucine et commence soit par un un U ou par un C aussi on a donc le chois entre ces deux bases, sachant que ca ne change rien au code final tu peux choisir une des deux en justifiant que l'ADN est dégénéré (plusieurs codon peuvent coder pour un même acide aminé)

fais comme ça pour les autres, sur ta feuille a la place des points d'interrogation, met les différentes lettres que ca peut être, et voies lesquelles on est sur que ca ne peut pas être (en comparant toujours) et choisis une des base qui peut coller pour les deux lignes

la 4) tu l'as faite?
si non voici une petite aide, On te donne la sequence des ARNt (ceux qui fixent les acides aminés) qui se placent en face de l'ARNm par cmplementarité des bases

il te suffit donc de noter quel sera la séquence d'ARNm pour chaque ARNt qu'ils te donnent et de remettre ces séquences dans l'ordre

et la question 5, sans plus d'info je vois pas trop ce qu'ils attendent

alors pour commencer je ne comprends pas pourquoi tu veux mettre un G car sur la séquence ce n'est pas glu mais Gln donc CA non?

4) 5’GTCAGCATGAAA3’
5) pour la question 5 il y a la grande séquence qui sur le document 2222 et 3333 et les questions relative au 5) sont sur le document 33333 (lol désolé pour les noms de mes docs!).

Les séquences soulignées correspondent à des gènes car il y a avant ces séquences des séquences riches en bases purique la séquence allant de 1014 à 1018 est la boite TATA qui permet l’initiation de la traduction
Par contre je ne vois pas quel est le rôle du codon TGA ?
La position du signal de polyadénylation est de 4626 à 4631
Et pour la dernière question je dirais 7 protéines + 1 codon stop (je ne sais pas si il faut compter le codon stop comme une protéine ?)

alors pour commencer je ne comprends pas pourquoi tu veux mettre un G car sur la séquence ce n'est pas glu mais Gln donc CA non?

au temps pour moi, j'avais tout réécris vite fait sur une feuille et le "Gln" je l'ai lu "Glu" :/

4)

5’GTCAGCATGAAA3’

je suis assez d'accord, sauf qu'en face des morceau d'ARNt qu'on te donne tu as de l'ARNm, dans l'ARN il n'y a as de thymine

5)

TATA qui permet l’initiation de la traduction

l'initiation de la traduction se fait normalement par le codon AUG (une methionine) et chez les procaryote l'initiation commence par AUG GUG ou UUG
la boite de Pribnow (TATAAT) est dans la transcription pas la traduction

Le codon TGA est un codon stop, il va arrêter la synthèse de la protéine lorsque le ribosome tombera sur ce codon

a ok merci beaucoup pour l'aide !
donc pour la 4) 5’GUCAGCAUGAAA3’ Si j'ai bien compris.

et du coup pour la délétion c'est bien une guanine? vous trouvez comme moi?

Oui,
pour la guanine je ne te l'assure pas a 100% parce que ca m'a fait remuer le crâne, j'ai recommencé plusieurs fois, mais au final j'ai trouvé Guanine aussi

lol ok merci!
et pour la question 5) pour Les séquences soulignées est-ce que tu penses qu'elles correspondent à des gènes mais bon la justification je ne sais pas vraiment quoi dire ...

et pour La position du signal de polyadénylation: de 4626 à 4631 ça te paraît correcte?

Si on vous as parlé d'intron et d"exon je parlerai de ça, mais je sais plus trop comment on différencie les deux, faudrais que je revois ça, si ca parle pas d'exon et d'intron, je vois pas ce que les morceaux soulignés peuvent avoir de différents

la polyadenylation je la mettrai plus de 4617 a 4620

ah bon mais la polyadénylation c'est pas une séquene de AATAAA?

Ba si, d'ou le fait que cette sequence se trouve de 4616 a 4620